大慈恩寺最早称“大庆寿寺”“庆寿寺”俗称“双塔寺”“双塔庆寿寺”“大兴隆寺”创建于金章宗大定二十六年。
元初新建双塔一九级一七级。海云国师圆寂后忽必烈为纪念他让城墙避让双塔。元至元三年元世祖敕令僧道在此祈福。
明初旃檀瑞像迁至庆寿寺永乐六年姚广孝居住于此。正统十三年太监王振重修改名“大兴隆寺”“大慈恩寺”成为藏传佛教寺院。
天顺元年寺被限制。成化十九年宪宗修缮。嘉靖十四年寺遭火灾后改为习仪祝圣之所、射所、演象所。以后逐渐坍塌清代乾隆时重修。
民国时寺尚存双塔无恙后因拓宽长安街双塔消失。
元代庆寿寺有藏传佛教高僧沙罗巴、达益巴居住。明代大慈恩寺是藏传佛教高僧云集之地如札实巴、领占竺、舍剌扎等还有众多高僧受到明政府优厚礼遇。
