车顶行李架的高度限制取决于车型和具体情况。根据相关规定，不同车型的载物高度限制是不同的。例如，重型、中型载货汽车和半挂车的载物高度不得超过4米，载运集装箱的车辆不得超过4.2米。其他载货的机动车的载物高度从地面起不得超过2.5米。对于摩托车，载物高度从地面起不得超过1.5米，长度不得超出车身0.2米。两轮摩托车载物宽度左右各不得超出车把0.15米，三轮摩托车载物宽度不得超过车身。
对于载客汽车，除了车身外部的行李架和内置的行李箱外，不得载货。如果载客汽车行李架载货，从车顶起高度不得超过0.5米，从地面起高度不得超过4米。
