汽车电子油门加速器的弊端有增加油耗、油门不好控制和加装可能会带来安全隐患。增加油耗：电子油门加速器能让油门反应更加灵敏，起步更快。由于动力跟汽油是成正比，相对的汽车油耗会增加。油门不好控制：电子油门加速器的安装虽然简单，但是需要拔开油门踏板的电子油门控制
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优惠政策）件将电子油门加速器串联上去。手动档车型加入油门加速器后，油门踏板响应过于敏感，起步需要更精确的油离配合才能达到以前的效果。这点与离合器的深浅对是否顺利起步的影响非常类似，深的离合器容易控制，但操作行程大；浅的离合器操作行程短，但控制难度大。加装电子油门加速器有安全隐患：所有的油门信号都需要通过电子油门加速器向ECU传递，并且电子油门加速器还有过滤原车油门信号的作用，所以如果电子油门加速器的质量不好，一旦发生故障，驾驶员就会失去对油门的控制，存在安全隐患。
